2016'da Rodrigo Duterte'nin Filipinler cumhurbaşkanlığına seçilmesinden sonra Moro meselesi hakkında kesin bir anlaşma yapılabilmesi için çalışmalar hızlandırıldı. Daha sonra silahlı çatışmaların sona erdirilmesi ve MILF'nin de kabul edeceği bir özerklik düzeni üzerinde ittifak sağlanması için görüşmeler devam etti. Yapılan görüşmeler neticesinde Temmuz 2018'de bu bölgeye özerklik getiren ve Bangsamoro Organik Yasası (BOL) adı verilen bir metin üzerinde ittifak sağlandı.

Filipinler'in güneyinde bulunan ve Müslümanların yoğun olarak yaşadıkları Moro, Mindanao ve bunlara bağlı bazı adalarda 1970'ten bu yana Müslümanlar tarafından bağımsızlık mücadelesi verilmektedir. Müslümanların bağımsızlık mücadelesini koordine etmek üzere ilk ortaya çıkan hareket 1972'de kurulan Moro Ulusal Kurtuluş Cephesi'dir. Ancak bu hareketin ileri gelenlerinden Selâmet Haşim, MNLF'nin kurucu lideri Nur Misvari'nin çizgisini benimsemediği için 1977'de bu hareketten ayrılarak Moro İslâmi Kurtuluş Cephesi (MILF) adında bir başka örgüt kurdu.

Moro Ulusal Kurtuluş Cephesi (MNLF) 22 yıl süren mücadeleden sonra Ekim 1992'de Filipinler hükümetiyle ateşkese gitmişti. 16 Nisan 1993'te de Endonezya'da "barış" görüşmeleri başlatıldı. 7 Kasım 1993'te bir ateşkes anlaşması ve bir de ilkeler anlaşması imzalandı. Sonuçta üç yıldan fazla süren görüşmelerden sonra Moro ve Mindanao adalarının bulunduğu Güney Filipinler'deki bazı bölgelere MNLF öncülüğünde özerklik verilmesi üzere bir anlaşma imzalanması konusunda ittifak sağlandı. Yani bu, bir özerklik anlaşması değil özerklik verilmesi konusunda ittifak mahiyeti taşıyordu. Bu konuda hazırlanan ilk barış anlaşması taslağı da 23 Haziran 1996'da Güney Filipinler'in Davao kentinde parafe edildi. 2 Eylül 1996 tarihinde de bu anlaşma Endonezya'nın başkenti Jakarta'da taraflarca imzalanarak resmen uygulamaya geçirildi.

Anlaşma, Güney Filipinler'deki 14 bölgeye özerklik verilmesini öngörüyordu. Ancak ilk geçiş döneminde MNLF'nin bu 14 bölgenin yönetiminde herhangi bir rolü olmayacaktı. Sadece Barış ve Kalkınma Meclisi adı altında bir meclis oluşturulacak ve başkanlığına da Nur Misvari getirilecekti. Bu meclis bölgedeki yerel yönetimlere sadece bazı tavsiyelerde bulunabilecekti. Bu tavsiyelerin uygulanması zorunluluğu olmayacaktı. Barış ve Kalkınma Meclisi'ne bağlı olarak Müslümanların dini işlerinin koordinasyonuyla ilgilenmek üzere bir Fetvâ Dairesi oluşturulacaktı. Bu dairenin yetkilileri söz konusu meclisin başkanı tarafından atanacaktı.

Barış ve Kalkınma Meclisi'nin görev yapacağı geçiş dönemi üç yıl sürecekti. Bu sürenin bitiminde söz konusu 14 bölgede referanduma gidilerek halktan "özerkliği mi yoksa Manila yönetimine bağlı kalmayı mı" istedikleri sorulacaktı. Bu referandumda halkının çoğunluğu özerkliği isteyen bölgelere tam özerklik verilecekti.

Malezya hükümeti kurulacak özerk Moro yönetimine ekonomik açıdan destek vereceğini açıkladı. O zamanki Malezya dışişleri bakanı Abdullah Bedevi, Filipinler yönetimiyle MNLF arasında bir barış anlaşması imzalanmasını olumlu bir gelişme olarak gördüklerini ve kurulacak Moro yönetimine yardımcı olacaklarını bildirdi.